本系創立於91學年度，初名「運輸與物流管理系」，係為配合國家發展全運籌中心政策及策略性服務產業政策之中高級人才需求而成立。94學年度配合本校由技術學院改制科技大學之需求，改名「行銷與物流管理系」迄今。隸屬於94學年度起組建之「人文暨管理學院」。自94學年度支援「人文暨管理學院」與「觀光休閒學院」合作創立的「服務業經營管理研究所」，並於96學年度開辦「碩士在職專班」，另在95學年度支援「海洋資源暨工程學院」成立「海洋創意產業研究所」，負責其中之「行銷與創意組」，該所後來因合作的水產養殖系、食品科學系分別成立研究所，故於98學年度停招。

       自104學年度起，本系奉令接辦「服務業經營管理研究所」業務，並將該所改名為「行銷與物流管理系服務業經營管理碩士班」。但因研究所學生來源仍以人文管理學院各系學生為主，因而仍維持原有多系一所的架構，由人文暨管理學院各系教師支援授課，而由本系辦理所務行政工作的方式，維持原有流通與運輸管理、資訊與商業管理以及服務業管理三大發展領域的方向。

　　本系秉持深耕在地產業需求、呼應政府施政措施及掌握產業變化等原則，致力於行銷與物流領域的教學研究與社會服務，同時導入外來資源並帶進當地特色產業，期望扮演在地產業輔導者及培育者的角色，以善盡大學社會責任並輔導相關產業創新，其教育發展目標包括：

       1. 本系以技職教育技術培養為基礎，強化學校教師研究及產學能量，以培育高等商管技術為教學發展基礎，形塑培養具備「行銷流通」、「運輸物流」及「商業科技」實務知識與創新能力之中高階專業人才。

       2. 本系的專業發展方向是整合行銷與物流兩大領域的教學及研究為主，發展跨領域課程與創新教學，積極推廣行銷物流智慧化應用，強化新興科技之實務技能。

       3. 本系落實行銷與物流實務職能培訓，確保入學輔導修課、專業證照取得與校外實習就業三效合一的教學目標，同時兼顧地區性產業經濟發展之配套，配合開設在地農漁特色產品的行銷及物流「產製銷」供應鏈相關專業課程。

　　本系四技學士班以學生職能及學識訓練為教學重點，並以穩固學生基礎能力、強化學生對於行銷與物流領域的專業技術以及落實學生生涯輔導的機制，最終以養成學生在行銷及物流相關產業的「最佳適職能力」為教育目標。其專業發展方向包括：

1. 跨領域行銷傳播、零售流通與物流倉儲課程設計促進產學交流，推動在地化服務業經營創新。
2. 培育具有廣博人文社會素養、紮實學科知識及專業實作能力。
3. 因應澎湖特色水產品與食品產業，並結合澎湖農漁特色資源，以低溫物流與冷鏈流通為教學發展特色，發展成為在地高等職能教育中心。
4. 結合行銷物流與資訊科技應用，整合產製銷供應鏈為就業導向，增強行銷物流科技智慧人才所需職能，同時協助澎湖地方產業、經濟與文化之提升，並帶動地方繁榮與發展。

　　本系碩士班則朝向「商貿與資訊管理」及「運輸與物流管理」作為專業領域發展，此外由於碩士在職專班學生主要來源為縣內的產官學界人員為主，其中以軍公教為主要來源，配合學生需求另規劃「服務業人力資源管理」、「知識管理與資訊運用」及「組織創新與管理」等組織策略相關領域之課程。碩士班課程規劃與安排，主要考量零售流通服務業及一般服務業在就業上所需的專業相關知識與應用技能，故在課程內容設計以零售流通業及一般服務業的商管課程為主，而補以資訊能力及語文能力的強化。其教育目標包括：

1. 培養服務業所需具備專業與創新能力的經營管理人才
2. 培養學生具有企業倫理與服務精神，以符合公私部門所期待之人格特質
3. 因應澎湖地區的需求，提供在職進修及回流教育，以提升當地之人力素質。
4. 緊扣在地服務業所需資源，致力扮演地區知識庫角色，引導澎湖地方服務產業發展。