根據本校的學校定位為「以實務教學為主，產業研究為輔，著重學生職涯培育，奠立發展島嶼產業應用型科技大學，形塑以實務教學為核心，注重專業職能技術訓練，強化基礎學力根基，並與澎湖地區共榮發展的精緻型大學」。植基於學校定位方向，本系訂定的中長程發展計畫目標與特色，包括以下五點：

1. 以培育高等商管技術為教學發展基礎，形塑培養具備「行銷流通」、「運輸物流」及「商業科技」實務知識與創新能力之中高階專業人才，並具有廣博人文社會素養、紮實學科知識及開拓三創視野的特質。
2. 整合行銷與物流兩大領域的教學及研究為主，發展跨領域課程與創新教學，積極推廣行銷物流智慧化應用，強化新興科技之實務技能，以及落實行銷與物流實務職能培訓，確保入學輔導修課、專業證照取得與校外實習就業三效合一的教學目標。
3. 因應澎湖海洋特色產業及海洋/海島觀光產業發展需求，發展成為水產品與觀光產業整合行銷、複合運輸及低溫物流的教育研究中心，同時作為地方公部門及服務產業在職人士的主要進修管道，以及兼顧地區性產業經濟發展之配套，配合開設在地農漁特色產品的行銷及物流「產製銷」供應鏈相關專業課程。
4. 應用資訊科技提升行銷與物流產業的經營效率，藉由行銷科技(Marketing Technology, MarTech)以精準、務實、且快速的方式，提升消費體驗並降低企業花費成本，更能隨時因應市場回饋調整宣傳強度與經營對策。
5. 規劃並引導學生分析、評估線上線下全面整合(Online-Merge-Offline, OMO)之全銷售通路及行銷5.0模式中的資源配置及應用效率，以及流通業者如何藉由建構全球化流通系統之價值鏈及競爭優勢，最後透過規劃方案並執行推動來建立「學系品牌化」之長程目標。

為達成中長程發展計畫之目標，本系目前正在實施以下六項執行策略：

1. 配合澎湖離島的地方特色，積極發展特色農漁產品與加工食品之行銷流通領域，同時強化跨系所合作機會以爭取跨領域計畫，提升教學與實務融合以降低學用落差，培育跨領域跨產業之行銷流通複合型人才。
2. 以低溫物流與冷鏈管理為發展核心，逐步增加冷鏈流通服務相關範疇，包含零售與電商冷鏈，及衛生與安全管理、各類食品採購與驗收、與冷鏈作業管理等產製銷整合實務課程，並延聘具相關業界經驗之師資，擴大業界師資參與系所教學，同時鼓勵教師進行相關領域產學合作與研究，或至業界公司進行產業研習或實務學習。
3. 融合「科技」、「行銷」與「管理」成為本系的行銷領域發展方向，持續招攬擁有相關產業經驗的新進教師，以強化指導學生如何利用行銷科技工具，進行市場的行銷輿情蒐集與分析、顧客關係管理及企業MarTech策略推動，進而操作虛實通路整合與管理，推動科技行銷業界人力培訓及發展，提升學生對於行銷科技應用的素質及競爭力。
4. 持續與國內知名行銷、零售和物流相關企業建立實務教育夥伴關係，擴展產學緊密結合培育模式同時建立長期實習合作，確保本系學生能夠從入學進修、證照輔導考取與實習就業三效合一，以落實在學四年專業知能與實務技能充份培訓，發揮本系在行銷與物流領域之高等技職教育的辦學特色。
5. 持續與本校其他系所合作爭取教育部各項大型計畫，以增加本系的教學資源與能量，並鼓勵師生進行產學合作及業界交流，豐富本系於校內外的實習課程內容，同時逐步建置本系系友資料庫及系友資訊互動平台，期望建立畢業系友網絡來強化職場情報與就業管道資源。
6. 持續發展與充實本系的行銷與物流實務教學場域，並結合澎湖社區與農漁業在地資源應用，協助地方產業共同解決行銷與物流相關議題，實踐本系對於在地的大學社會責任，進而提升澎湖產業經濟。